বিপিসি’র বাণিজ্য ও অপারেশন বিভাগের প্রধান দায়িত্ব হচ্ছে দেশের জ্বালানি নিরাপত্তা নিশ্চিতকরণের লক্ষ্যে  চাহিদা অনুযায়ী অপরিশোধিত ও পরিশোধিত জ্বালানি তেল আমদানিপূর্বক নিরাপদ মজুদ গড়ে তোলা এবং নিরবিচ্ছিন্ন সরবরাহ অব্যাহত রাখা। ইস্টার্ণ রিফাইনারী লিমিটেডে (ইআরএল) নিরবিচ্ছন্নভাবে কাঁচামাল সরবরাহ নিশ্চিত করার জন্য অপরিশোধিত তেল ক্রয় এবং প্রতিষ্ঠানটির অপারেশনাল কার্যক্রম তত্ত্বাবধান করে থাকে। সরকারি সিদ্ধান্ত অনুযায়ী জ্বালানি ও খনিজ সম্পদ বিভাগের নির্দেশনানুযায়ী দেশের মোট চাহিদার ৫০% জি-টু-জি মেয়াদি চুক্তি এবং অবশিষ্ট ৫০% আন্তর্জাতিক দরপত্রের ভিত্তিতে বিভিন্ন উৎস থেকে পরিশোধিত জ্বালানি তেল আমদানিপূর্বক নিরবিচ্ছন্ন সরবরাহ নিশ্চিত করছে। ইআরএল’র মজুদ পরিস্থিতি বিবেচনা করে আন্তর্জাতিক দরপত্রের মাধ্যমে  ন্যাফথা রপ্তানি এবং স্থানীয় পেট্রোকেমিক্যাল প্ল্যান্টে ন্যাফথা সরবরাহের ব্যবস্থা গ্রহণ করে। এ বিভাগ হতে ইআরএল এর বিভিন্ন ইউনিটের রক্ষণাবেক্ষণের জন্য প্রয়োজনীয় বিভিন্ন যন্ত্রপাতি, স্পেয়ার পার্টস, কেমিক্যালস এবং চাহিদানুযায়ী Hot-Rolled Mild Steel Plate, Cold Rolled Steel Sheet (CRSS) আমদানি ও এ লক্ষ্যে অনুমোদন গ্রহণের ব্যবস্থা গ্রহণ করা হয়। জ্বালানি ও খনিজ সম্পদ বিভাগের অনুমোদনের প্রেক্ষিতে বিভিন্ন বেসরকারি বিদ্যুৎ উৎপাদন কেন্দ্র কর্তৃক ফার্ণেস অয়েল আমদানির ক্ষেত্রে প্রতিষ্ঠানটির সাথে বিপিসি’র চুক্তি স্বাক্ষর, আমদানি পর্যবেক্ষণ ও তত্ত্বাবধান এ বিভাগ করে থাকে। উপরন্তু দেশীয় শিল্প বিকাশ ও আমদানি নির্ভরতা হ্রাসকরণে বিভিন্ন পেট্রোকেমিক্যাল প্ল্যান্টের সাথে চুক্তি সম্পাদনপূর্বক ইআরএল-এ উৎপাদিত উদ্বৃত্ত ন্যাফথা সরবরাহ এবং সরবরাহকৃত ন্যাফথা হতে উৎপাদিত বিভিন্ন গ্রেডের পেট্রোলিয়াম পণ্য ক্রয় করে। এ বিভাগ জ্বালানি তেল আমদানিতে বৈদেশিক মূদ্রার চাহিদা, আমদানি ব্যয় প্রাক্কলন, রপ্তানি আয় এবং বার্ষিক অপারেশনাল বাজেট প্রস্তুত করে।